تمثل لجنة إدارة هيئة مكافحة غسل الأموال وتمويل الإرهاب مرجعية الهيئة التشغيلية والتنظيمية والإدارية وتتكون اللجنة من:
| – حاكم مصرف سورية المركزي وينوب عنه النائب الأول لحاكم مصرف سورية المركزي في حال غيابه. | رئيساً |
| – معاون وزير المالية. | عضواً |
| – قاض يعينه مجلس القضاء الأعلى. | عضواً |
| – المدير المشرف على مفوضية الحكومة لدى المصارف. | عضواً |
| – ممثل عن وزارة الخارجية من مرتبة مدير على الأقل. | عضواً |
| – ممثل عن وزارة الداخلية من مرتبة مدير على الأقل. | عضواً |
| – خبير بالشؤون القانونية والمالية والمصرفية. | عضواً |